Intenta dar más detalles del problema o la versión de Godot que usas. No sé exactamente la solución, todavía no me puesto nunca a hacer animaciones importantes. Pero tiene pinta que la parte de tu objeto que animas no tiene su KinematicBody o parecido y su CollisionShape (pueden que hagan falta Bones o algo parecido). O bien, Godot fuerza al objeto a tener el comportamiento de la animación sobre la física. Sé que no es una respuesta cerrada, por eso es un comentario, pero igual te ayuda si vas probando cosas o buscando información. Si nadie te responde, formula la pregunta en inglés, seguramente tendrás más suerte :)